馬祖的文化內涵來自原鄉，因為戰略位置特殊，在民國38年成為兩岸對峙的前線，開始實行戰地政務及軍事管理，至81年解除，馬祖開始與台灣和世界接軌，原本神秘的戰地前線，重新以獨特的自然景觀、酒香文化、歷史建築、閩東風俗、戰地遺址展現在世人眼前，來自原鄉的閩東文化、海島文化以及戰地文化在馬祖列島相互交融，豐富了馬祖的文化厚度。

馬祖的精彩除了可見於既有文化館舍內，如馬祖民俗文物館、馬祖故事館、經國紀念館、橋仔漁村展示館等，也展現在多樣化的文化場域，包括遺址、古蹟、聚落保存區、坑道、據點、廟宇等，以及在日常的歲時祭儀、生命禮俗、飲食、人物故事等常民文化中，展現出有別於台灣本島的在地特色與生命力。爰此，馬祖可視為是一個由不同文化交融而成的島嶼博物館，有歷史的疊層、有風土條件的獨特性、並且具生活感的場域，更透過人群的移動與互動交流、不同館舍間的串聯協作等，在這片島嶼上不斷層疊出新的火花。

透過馬祖好系列的鋪陳，提供大眾一個得以更快親近、瞭解與愛上馬祖文化的窗口，目前規劃6大主題：馬祖好食(飲食文化)、馬祖好神(傳統信仰)、馬祖好強(軍事文化)、馬祖好學(戰地教育)、馬祖好潮(海洋文化)、馬祖好傑(人物故事)等，並逐步透過主題式之資料盤整、知識共享、故事徵集，以及各實體館舍之合作與連結，促進在地文化參與及共生，並提升馬祖文化的親近性與能見度。